Em 1696, devido a uma depressão nervosa, Newton afastou-se do trabalho científico e mudou-se definitivamente para Londres, onde, em 1701, assumiu novo cargo público. Apresentou à Royal Society seu único trabalho sobre química, ao qual pouco depois acrescentou observações sobre as temperaturas de ebulição e fusão, assim como um enunciado da lei de resfriamento por condução. Em 1703, foi eleito presidente da Royal Society, cargo para o qual se reelegeria sucessivamente.
Em 1705, foi feito cavaleiro (Sir) pela rainha Ana. A primeira edição inglesa de Opticks, or A Treatise on the Reflections, Refractions and Colours of Light (1704; Óptica, ou Um tratado sobre a reflexão, refração e cores da luz) traz importantes complementos, entre eles uma prefiguração da noção de comprimento de onda, sob o nome de "teoria dos acessos de fácil transmissão". A edição em latim apresenta, como apêndice, um verdadeiro tratado de cálculo integral, o primeiro a tornar-se público. Além disso, a segunda edição de Opticks, em inglês, inclui 31 Questions, que abordam especialmente o problema da matéria e da luz. Em Arithmetica universalis sive De compositione et resolutione arithmetica (1707; Aritmética universal ou Sobre a composição e resolução aritméticas), Newton exprime em fórmulas matemáticas a lei da gravitação e suas aplicações, e estabelece os fundamentos do cálculo infinitesimal.
Sir Isaac Newton viveu seus últimos anos como verdadeira glória nacional da Inglaterra e passou a dedicar-se sobretudo a estudos filosóficos e históricos. Morreu em Londres em 31 de março de 1727.